O Convento dos Lóios surge por vontade do 3º Conde da Feira, D. Manuel Pereira, mas é seu filho Diogo Forjaz Pereira e esposa D. Ana de Meneses, que assumem o compromisso e testemunho de devoção a S. João Evangelista. Feita petição ao Capítulo Geral, são confirmadas a 3 de julho de 1550, as concessões necessárias para a fundação da Casa da Feira com todas as graças e privilégios que gozavam outras casas da Congregação.

A 6 de maio de 1560, dia de S. João Evangelista, foi realizada a cerimónia de colocação da primeira pedra no sítio da Ermida do Espírito Santo. Passados seis anos, os Cónegos Seculares de S. João Evangelista ou Cónegos Azuis contavam já com uma igreja e um convento “capaz de ser habitado”.

Depois da morte deste conde, a grande impulsionadora foi sua neta, D. Inês de Castro que, mandou fazer à sua custa a capela mor.

Em 1680, a Câmara da Feira faz petição ao príncipe regente D. Pedro, para lançamento da finta de “um real em cada quartilho de vinho” que se vendesse na vila e seu termo, cujo valor reverteria a favor das obras do corpo da igreja. Em 1705, o conjunto conventual podia ser já contemplado com a igreja a norte – ainda não terminada ‑, o convento com o claustro encostado a sul e ao centro deste um chafariz.

Com a revolução liberal e o famoso decreto de 1834, que extingue as ordens religiosas, o Convento dos Lóios, através da Portaria de 13 de setembro de 1836, da Repartição dos Negócios da Fazenda, é remetido para a posse e administração da Câmara Municipal da Feira, iniciando uma nova fase de reutilização com o estabelecimento de novas e diferentes funcionalidades no corpo do convento.

Em ata camarária de 23 de junho de 1877, é referida a intenção de se conservar o teatro no antigo refeitório do convento, havendo anuência do consorte D. Fernando II que adquire oito ações e consente que o seu nome seja atribuído a este espaço cultural, mais tarde transformado também em animatógrafo. A 31 de dezembro de 1907, no primeiro andar, a norte/nascente do edifício, é instalada a cadeia da Comarca que permanece até 1944.

A partir de 1938, foram realizadas várias obras de remodelação para acolher os diferentes serviços públicos, pelo que, na década de cinquenta do século XX, o antigo Convento estaria completamente transformado em Repartições Públicas, Conservatórias e Tribunal, situação esta que se prolongou até 1992, altura em que o Museu Municipal ali se instalou.